법무법인 원은 주택건설 및 부동산개발업을 영위하는 법인이 대도시 내 법인 전입에 따른 취득세 중과세 과세예고 통지를 받은 사안에서, 청구법인을 대리하여 과세전적부심사를 청구하였고, 납세고지서가 발부되기 전 단계에서 과세예고된 취득세 등 약 5억 원 전부를 취소하는 채택 결정을 이끌어냈습니다.

1. 사건 개요
청구법인의 임원은 별도의 관계법인을 운영하고 있었습니다. 과세관청은 관계법인의 사무실을 청구법인의 사실상 본점으로 보아, 청구법인이 대도시 내로 본점을 이전한 후 5년 이내 취득한 부동산에 해당한다는 이유로 취득세 중과세율을 적용하고자 하였습니다. 이에 과세관청은 취득세 등을 추징하겠다는 내용의 세무조사 결과를 통지하였고, 청구법인은 해당 사업장을 실제 본점으로 사용하고 있었다고 주장하며 대도시 내 법인 전입을 전제로 한 취득세 중과세가 부당하다는 취지로 과세관청에 과세전적부심사를 청구하였습니다.

2. 핵심 쟁점
본 사건에서는 관계법인의 사무실을 청구법인의 사실상 본점으로 볼 수 있는지 여부와, 이를 전제로 대도시 내 법인 전입에 따른 취득세 중과세율을 적용할 수 있는지 여부가 핵심 쟁점으로 다루어졌습니다.

3. 주요 대응 전략
법무법인 원의 서순성, 김다애 변호사와 천명철 전문위원은 다음과 같은 법리를 구성하였습니다.

· 본점 사업장의 실질적 사용 사실 입증
청구법인은 문제된 사업장에 대하여 적법하게 임대차계약을 체결하고 보증금 및 임차료를 계속 납부하여 왔으며, 사업자등록상 본점으로 신고하고 주택건설사업자 등록을 유지하면서 각종 국세와 지방세를 성실히 신고하여 왔다는 점을 주장하였습니다.

또한 과세관청 역시 조사 과정에서 청구법인 명의의 입주자 표지판, 사무집기 및 업무공간의 존재를 직접 확인한 바 있다는 점을 들어, 해당 사업장이 실제 업무 수행을 위한 공간으로 사용되어 왔음을 입증하였습니다.

· 사업 특성을 고려한 본점 기능 수행 주장
청구법인은 공동사업자와 함께 임대주택 개발사업을 추진하면서 주요 업무 협의와 의사결정을 위하여 해당 사업장을 사용하였음을 강조하였습니다.
아울러 부동산 개발업의 특성상 사업 현장 방문이 빈번하고 대표이사가 노트북과 휴대전화를 활용하여 현장, 자택 및 사무실을 오가며 업무를 수행하는 형태이므로, 사업장 체류 시간이 많지 않다는 사정만으로 본점성을 부정할 수 없다고 주장하였습니다.

· 과세관청 판단 근거에 대한 반박
과세관청이 제시한 전화번호 사용 내역, 법인카드 사용 지역, 금융기관 거래 내역, 출입기록 등은 본점 소재지를 판단하는 직접적인 근거가 될 수 없다고 지적하였습니다.

특히 법인카드 사용 내역은 사업 현장 및 업무 수행 지역에 따라 발생한 것이고, 출입기록 역시 일부만 보존되어 실제 이용 현황을 충분히 반영하지 못한다는 점을 설명하였습니다.
또한 과세관청이 실질적 본점으로 지목한 사업장에 청구법인의 인적·물적 설비가 존재하였다는 객관적인 자료를 제시하지 못하였음을 강조하였습니다.

· 조세심판원 결정례 및 사업구조에 근거한 실질과세 원칙 주장
부동산 개발업이나 공유오피스 형태의 사업 운영과 관련하여 본점성을 인정한 다수의 조세심판원 결정례를 제시하며, 사업장의 실제 사용 실태와 사업 특성을 종합적으로 고려하여야 한다고 주장하였습니다.

나아가 청구법인은 설립 목적과 사업구조상 독립된 시행사로 운영되어 왔으며, 중과세를 회피하기 위하여 본점 소재지를 가장할 동기나 필요성도 존재하지 않는다는 점을 강조하였습니다. 또한 과세관청이 청구법인이 다른 사업장을 실질적 본점으로 사용하였다는 점을 객관적으로 입증하지 못하였으므로, 대도시 내 법인 전입에 따른 취득세 중과세를 적용할 수 없다고 적극 주장하였습니다.

4. 사건 의의
과세관청은 지방세심의위원회의 심의를 거쳐 법무법인 원의 주장을 받아들여 이 건 과세전적부심사청구를 채택하였고, 이에 따라 대도시 내 법인 전입을 전제로 한 취득세 중과세 과세예고는 전부 취소되었습니다.

특히 이 사건은 납세고지서가 발부되기 전인 과세전적부심사 단계에서 과세예고 세액 전부가 취소되었다는 점에서 의미가 큽니다.

납세고지가 이루어진 뒤 이의신청, 심판청구, 행정소송으로 다투는 경우에는 불복을 제기하더라도 고지된 세액의 납부의무가 그대로 유지되므로, 납세자로서는 다툼이 끝나기 전에 세액을 먼저 납부하거나 납부지연가산세와 체납처분의 부담을 감수하여야 합니다.

청구법인은 과세전적부심사를 통해 불복 단계에 들어가기 전에 분쟁을 조기에 종결함으로써 약 5억 원에 이르는 세액을 미리 납부하여야 하는 자금 부담과 장기간의 불복 절차에 드는 시간과 비용을 모두 덜게 되었습니다.

지방세심의위원회는 공유오피스를 본점으로 사용하거나 대표자의 사무실 체류 시간이 많지 않다는 사정만으로 해당 사업장을 형식적 본점이라고 단정할 수 없다고 보았습니다. 또한 임대차계약, 사업자등록, 물적 설비 및 실제 사업 수행 내역 등을 종합할 때 해당 사업장이 청구법인의 본점으로 기능하고 있다고 인정하였습니다.

본 사건은 취득세 중과세 적용 여부를 판단함에 있어 본점의 형식적 외관이 아니라 실제 사업 운영 실태와 업무 수행 내역을 종합적으로 고려하여야 함을 확인한 사례라는 점에서 의의가 있습니다.

특히 공유오피스나 공동 사무공간을 사용하는 경우에도 실제 본점 기능이 확인된다면 본점성을 인정할 수 있으며, 과세관청이 사실상 본점 전입을 주장하는 경우 이에 대한 입증책임을 부담한다는 점을 재확인한 결정이라는 점에서 의미가 있습니다.

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서순성 변호사 | ssseo@onelawpartners.com
김다애 변호사 | dakim2@onelawpartners.com
천명철  전문위원 | mccheon@onelawpartners.com
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